Название города Мостар впервые упоминается в 1474 году. Произошло оно от слова «мостари» – хранители моста. В 15-м и 16-м веках Мостар развивался как приграничный город Османской империи.
С 1878 года Мостар, как и вся Босния и Герцеговина, был в Австро-Венгрии, а в 1908 году официально вошёл в её состав. В этот период Мостар был одним из основных центров сеператизма - хорватского национального возрождения