Дзеянні гульні The Callisto Protocol адбываюцца ў 2320 годзе. Галоўныя героі, пілоты грузавога касмічнага карабля Джэйкоб Лі і Макс Бэрроу, выконваюць рэйс паміж спадарожнікамі Юпітэра, Еўропай і Калліста, з небяспечным грузам на борце. Падчас спуску на Калліста іх карабель падвяргаецца атаке групіроўкі «Знешні рубеж», адказнай за тэрарыстычныя акты. У спробе выратавацца Джэйкоб выклікае разгерметызацыю карабля, што прыводзіць да аварыйнай пасадкі. Вытрымліваюць толькі Джэйкоб і Дэні Накамура, мяркуемы лідар «Знешняга рубежу». Іх ратуе капітан службы бяспекі Леон Фэрыс, аднак па загадзе дырэктара калоніі Дункана Коула абаіх укладваюць у турму «Чорная цяжкасць».