Охридское озеро и озеро Преспа относятся к группе бассейнов, которые образовались вследствие геотектонического прогиба, произошедшего в эпоху плиоцена, около пяти миллионов лет назад на западной стороне Динарских Альп. Во всем мире есть всего несколько озёр, происхождение которых сходно, самые известные из них — Байкал и Танганьика. У большинства других озёр жизненный цикл не превышает 100 000 лет, после этого они окончательно заполняются осадочными породами. Предполагается, что в случае с Охридским озером данный процесс был продлён из-за большой глубины и малого количества осадков из впадающих ручьев. Кроме того, грабен Охрид-Корча с юга от озера до сих пор тектонически активен и может компенсировать осадконакопление погружением.