Монастырь был основан в 893—900 годах святым Наумом Охридским, младшим учеником Кирилла и Мефодия[1], при содействии болгарских правителей Бориса и Симеона. После смерти святого 23 декабря 910 года его мощи были перемещены в монастырский храм. В Средние века монастырь был значительным культурным центром, обладал обширными земельными владениями. Свети-Наум пользовался большим уважением мусульман в османскую эпоху, на паломничество приходили многие албанцы и торбеши. Считалось, что мощи излечивали от психических расстройств и заболеваний, что отразилось в пословице «Или ум, или Свети Наум». 2—3 февраля 1875 года монастырь сильно пострадал от пожара. Во время Второй мировой войны обитель вошла в ведение Албанской православной церкви — в начале 1942 года здесь была совершена архиерейская хиротония епископа Аполлонийского Иринея (Бануши). В послевоенный период в обители проводились археологические раскопки, частично выявившие фасады и часть стен первоначального храма обители.