У 2011 годзе ў Чыкага была stworena Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая кіруе інфармацыяй і асабістымі данымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца хакерам з доступам да ctOS і імкнецца да кантролю і абароны. У мінулым ён страціў блізкіх людзей, што стала прычынай яго асланянасці на назіранне. Калі трагедыя паўтараецца, Эйдэн вырашае ўзяць справядлівасць у свае рукі. Гульнявы сюжэт засяроджаны на яго бою з сістэмай і пошуку справядлівасці.