У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая кіруе інфармацыяй і асабістымі данымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдан Пірс, з'яўляецца вопытным хакерам, які мае доступ да ctOS. Ён адданы ідэі назірання і кантролю, бо ў мінулым яго блізкія пацярпелі ад злачыннасці. Пасля паўторнага інцыдэнту, які пагражае яго сям'і, Эйдан вырашае ўзяць справядлівасць у свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай.