У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аператыўная Сістэма ctOS, якая кантралюе інфармацыю і даныя жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца вопытным хакерам, які атрымлівае доступ да ctOS. Ён адданы ідэі абароны і кантролю, асабліва пасля таго, як яго блізкія пацярпелі ў мінулым. Калі трагедыя паўтараецца, Эйдэн вырашае ўзяць справядлівасць у свае рукі і помставаць тым, хто прынёс яму боль. Сюжэт гульні даследуе тэмы назірання, кантролю і асабістай адказнасці ў умовах высокіх тэхналогій.