У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая кіруе інфармацыяй і асабістымі данымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца досведчаным хакерам, які мае доступ да ctOS. Ён адданыя ідэі назірання і абароны, паколькі ў мінулым яго блізкія пацярпелі з-за сістэмы. Калі сітуацыя паўтараецца, Эйдэн вырашае ўзяць справы ў свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай, якая, на яго думку, пагражае бяспецы людзей.