У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма (ctOS), якая кіруе інфармацыяй і асабістымі дадзенымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца вопытным хакам, які мае доступ да ctOS. Ён адданы ідэі назірання і абароны, бо ў мінулым яго блізкія пацярпелі з-за гэтай сістэмы. Калі сітуацыя паўтараецца, Эйдэн вырашае ўзяць правасуддзе ў свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай, якая пагражае яго жыццю і жыццю навакольных. Гульня даследуе тэмы кантролю, канфідэнцыйнасці і помсты ў лічбавым свеце.