У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аператыўная Сістэма ctOS, адказная за кіраванне інфармацыяй і асабістымі дадзенымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца вопытным хацкером, які атрымлівае доступ да ctOS і імкнецца кантраляваць сітуацыю, каб абараніць сваіх блізкіх. У мінулым ён перажыў трагедыю, звязаную з страчай родных, і цяпер яго мэта — папярэдзіць паўтор падобных падзей. Аднак, сутыкнуўшыся з новымі пагрозамі, Эйдэн вырашае ўзяць справядлівасць у свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай, якая кантралюе горад.