У 2011 годзе была створана Цэнтральная Операцыйная Сістэма ctOS, якая кантралюе інфармацыю і асабістыя дадзеныя жыхароў Чыкага. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца высокакваліфікаваным хакам, які мае доступ да ctOS. Ён адданыя назіранню і кантролю, бо ў мінулым яго блізкія пацярпелі. Пасля паўторнага інцыдэнту Эйдэн вырашае ўзяць справядлівасць у свае рукі, што прыводзіць да яго барацьбы з сістэмай. Гульнявы працэс уключае элементы хакерства і ўзаемадзеяння з гарадской інфраструктурай.