У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Операцыйная Сістэма ctOS, якая кіруе інфармацыяй і асабістымі дадзенымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдан Пірс, з'яўляецца вопытным хакерам, які атрымаў доступ да ctOS. Ён адчувае адданасць ідэі абароны і кантролю, асабліва пасля таго, як яго блізкія пацярпелі ў выніку дзеянняў сістэмы. Пасля паўторнага інцыдэнту, які пагражае яго сям'і, Эйдан вырашае ўзяць правасуддзе ў свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай, якая, на яго думку, павінна забяспечваць бяспеку, а не пагражаць людзям.