У 2011 годзе ў Чыкага была створана Центральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая кантралюе інфармацыйныя патокі і асабістыя дадзеныя жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца вопытным хакам, які атрымлівае доступ да ctOS і імкнецца абараніць сваіх блізкіх. Пасля трагічных падзей у яго жыцці, Эйдэн вырашае ўзяць справядлівасць у свае рукі, каб прадухіліць паўтор гэтых сітуацый. Яго аддзінасць кантролю і назіранню становіцца рухальнай сілай яго дзеянняў. Гульнявы працэс сканцэнтраваны на хакаўскіх навыках і ўзаемадзеянні з гарадской інфраструктурай.