У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая кіруе інфармацыяй і асабістымі данымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдан Пірс, з'яўляецца высокакваліфікаваным хакерам, які мае доступ да ctOS. Ён адчувае прыцягненне да ідэі абароны і кантролю, бо ў мінулым яго блізкія пацярпелі з-за гэтай сістэмы. Калі трагедыя паўтараецца, Эйдан вырашае ўзяць справядлівасць у свае рукі і пачаць барацьбу з злачыннасцю, выкарыстоўваючы свае навыкі хакера. Сюжэт гульні ўздымае пытанні аб бяспецы, прыватнасці і наступствах тэхналагічнага кантролю.