У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая кіруе інфармацыяй і асабістымі данымі жыхароў горада. Галоўным героем гульні Watch Dogs з'яўляецца Эйдэн Пірс, высокакваліфікаваны хакер, які атрымаў доступ да ctOS. Эйдэн захоплены ідэяй абароны і кантролю, таму што ў мінулым яго блізкія пацярпелі з-за сістэмы. Пасля паўторнага інцыдэнту ён вырашае ўзяць правасуддзе ў свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай, якая пагражае бяспецы людзей.