У 2011 годзе ў Чыкаго была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая кіруе інфармацыяй і асабістымі данымі грамадзян. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца вопытным хакерам, які мае доступ да ctOS. Ён адданы ідэі назірання і абароны, бо ў мінулым яго блізкія пацярпелі. Пасля паўторнага інцыдэнту Эйдэн вырашае ўзяць правасуддзе ў свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай. Сюжэт гульні даследуе тэмы кантролю, бяспекі і асабістай адказнасці ў умовах высокіх тэхналогій.