У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая адказвае за кіраванне інфармацыяй і асабістымі дадзенымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдэн Пірс, з'яўляецца вопытным хакерам, які атрымлівае доступ да ctOS. Ён адданны ідэі абароны і кантролю, бо ў мінулым яго блізкія пацярпелі з-за сістэмы. Калі сітуацыя паўтараецца, Эйдэн вырашае ўзяць правасуддзе ў свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай, якая пагражае бяспецы людзей.