У 2011 годзе ў Чыкага была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая кіруе інфармацыяй і асабістымі дадзенымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдан Пірс, з'яўляецца вопытным ўзламшчыкам, які мае доступ да ctOS. Ён адданы ідэі назірання і кантролю, бо ў мінулым яго блізкія пацярпелі з-за гэтай сістэмы. Пасля паўторнага інцыдэнту Эйдан вырашае ўзяць правасуддзе ў свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай, якая пагражае бяспецы людзей.