У 2011 годзе ў Чыкаго была створана Цэнтральная Аперацыйная Сістэма ctOS, якая адказвае за кіраванне інфармацыяй і асабістымі данымі жыхароў горада. Галоўны герой гульні Watch Dogs, Эйдан Пірс, з'яўляецца вопытным хакерам, які атрымлівае доступ да ctOS і імкнецца кантраляваць сітуацыю ў горадзе. Ён адчувае адданасць ідэі абароны сваіх блізкіх пасля таго, як яны пацярпелі ў мінулым. Аднак, калі трагедыя паўтараецца, Эйдан вырашае ўзяць справядлівасць у свае рукі і пачаць барацьбу з сістэмай. Сюжэт гульні засяроджаны на тэмах назірання, кантролю і асабістай помсты.