Дзеянне гульні Metro: Last Light разгортваецца ў 2034 годзе, праз год пасля падзей папярэдняй часткі, Metro 2033. У гульні прадстаўлены Ордэн «Спарта», які займае ваенны аб'ект Д6, раней наведаны галоўным героем Арцёма. Д6 з'яўляецца велізарным і яшчэ не да канца даследаваным бункерам. Артём, які стаў спартанцам у першай частцы, адчувае сумневы наконт свайго рашэння забіць Чорных. Чуткі аб адкрыцці Д6 і яго багаццях распаўсюджваюцца па метрапалітэне, прыцягваючы ўвагу сапернічыўшых груповак: камуністычнай Чырвонай лініі і фашысцкага Чацвёртага райха, якія імкнуцца захапіць бункер і яго змесціва.