Дзеянне гульні Metro: Last Light разгортваецца ў 2034 годзе, праз год пасля падзей папярэдняй часткі, Metro 2033. У гульні Ордэн «Спарта» займае ваенны аб'ект Д6, які з'яўляецца вялікім і яшчэ не да канца даследаваным бункерам. Галоўны герой, Арцём, які стаў спартанцам у першай частцы, адчувае сумнеў у сваіх дзеяннях, звязаных з знішчэннем Чорных. У метрапалітэне пачынаюць хадзіць чуткі пра адкрыццё Д6 і яго багацці, што прыцягвае ўвагу канкуруючых груповак — камуністычнай Чырвонай лініі і фашысцкага Чацвёртага райха, якія імкнуцца захапіць бункер і яго ўтрыманне.