Гісторыя гульні Shadow Hearts 2 (Shadow Hearts: Covenant) разгортваецца праз шэсць месяцаў пасля падзей першай часткі і адбываецца на фоне Першай сусветнай вайны. Галоўныя героі сутыкаюцца з інтрыгуючым сюжэтам, у які ўцягнутыя дэманах дэманалатріі, галоўны саветнік цара Расіі і персонаж з мінулага галоўнага героя Юрыя Х'югі. Гульцы павінны даследаваць складаныя адносіны паміж персанажамі і іх унутраныя канфлікты, а таксама ўзаемадзейнічаць з рознымі міфалагічнымі элементамі. Гульня спалучае элементы RPG і жахаў, прапаноўваючы ўнікальны гульнявы досвед.