Сюжэт гульні Shadow Hearts 2 (Shadow Hearts: Covenant) разгортваецца праз шэсць месяцаў пасля падзей першай часткі і адбываецца на фоне Першай сусветнай вайны. Галоўныя героі апыняюцца ў складзе складанай гісторыі, у якой фігуруюць дэманы і галоўны саветнік цара Расіі. У цэнтры аповеду находзіцца Юрый Хьюгі, які сутыкаецца з чалавекам з свайго мінулага. Гульня спалучае элементы ролевага жанру з унікальнай атмасферай, прыносячы ў сюжэт элементы містыкі і драмы. Развіццё персанажаў і іх узаемадзеянне з навакольным светам адыгрываюць важную ролю ў раскрыцці сюжэту.