Історыя Shadow Hearts 2 (Shadow Hearts: Covenant) разгортваецца праз шэсць месяцаў пасля падзей першай часткі гульні. Дзеянне адбываецца ў разгар Першай сусветнай вайны. Галоўныя героі сутыкаюцца з інтрыгуючым сюжэтам, у які ўдзельнічаюць демоны демоналатріі. У цэнтры ўвагі апынаецца галоўны саветнік цара Расіі, а таксама чалавек з мінулага галоўнага героя Юрыя Хьюгі. Гульцам давядзецца даследаваць складаные ўзаемаадносіны персанажаў і іх барацьбу з цёмнымі сіламі.