Гісторыя гульні Shadow Hearts 2 (Shadow Hearts: Covenant) разгортваецца праз шэсць месяцаў пасля падзей першай часткі і адбываецца на фоне Першай сусветнай вайны. Галоўныя героі апынюцца ў складным сюжэце, у якім фігуруюць дэманічныя істоты. У цэнтры ўвагі знаходзіцца галоўны саветнік цара Расіі, а таксама персанаж з мінулага галоўнага героя Юрыя Х'югі. Игрокам трэба будзе даследаваць свет, поўны містыкі і інтрыг, сутыкнуўшыся з рознымі выклікамі і ворагамі.