Гісторыя гульні Shadow Hearts 2 (Shadow Hearts: Covenant) разгортваецца праз шэсць месяцаў пасля падзеяў першай часткі і адбываецца на фоне Першай сусветнай вайны. Галоўныя героі аказваюцца ўцягнутымі ў складаную сюжэтную лінію, дзе ім прыйдзецца сутыкнуцца з дэманамі дэманалатріі, а таксама з галоўным саветнікам цара Расіі. Важную ролю ў апавяданні грае чалавек з мінулага галоўнага героя Юрыя Хьюгі. Гулец будзе даследаваць новыя лакцыі, узаемадзейнічаць з разнастайнымі персанажамі і вырашаць складаныя задачы, каб прасунуцца па сюжэце.