Дзеянне гульні Kingdom Hearts II разгортваецца прыкладна год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфи прабудзіліся пасля годнага сну, у ходе якога аднаўлялі свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў палоне віртуальнай версіі Сумеркавага Города, створанай персанажам па імені ДзіЗ. Гульня працягвае развіваць сюжэтную лінію і знаёміць гульцоў з новымі персанажамі і светамі.