Падзеі гульні Kingdom Hearts II разгортваюцца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфі прабудзіліся пасля года сну, падчас якога аднаўлялі свае страчаныя ўспаміны. Тым часам Роксас аказваецца ў палоне віртуальнай версіі Сумеркавага Горада, створенай персанажам па імені ДзіЗ. Гульцам трэба будзе даследаваць новыя свет, сустракаць знаёмых персанажаў і змагацца з ворагамі, каб аднавіць парадак у сваіх успамінах і разгадваць таямніцы, што акружаюць іх прыгоды.