Дзеянне гульні Kingdom Hearts II пачынаецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфі прабудзіліся пасля гадавога сну, падчас якога аднаўлялі свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў замкнёным стане ў віртуальнай версіі Сумеркавага Горада, створанай ДзіЗ. Игрокам трэба будзе даследаваць новыя светах, змагацца з ворагамі і аднаўляць сувязі паміж персанажамі. Kingdom Hearts II працягвае развіваць сюжэтную лінію і знаёміць гульцоў з новымі персанажамі і механікамі.