Дзейства гульні Kingdom Hearts II разгортваюцца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфі прабудзіліся пасля гадавога сну, падчас якога аднаўлялі свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў пастцы віртуальнай версіі Сумерэрачага Города, якая была створана персанажам па імені ДзіЗ. Игрокам трэба будзе даследаваць новыя свет, сустракаць знаёмых персанажаў і змагацца з ворагамі, каб адновіць парадак у іх свеце. Kingdom Hearts II працягвае развіваць сюжэтную лінію і механіки, знаёмыя аматарам серыі.