Дзеянне гульні Kingdom Hearts II разгортваецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфи прачнуліся пасля гадавога сну, падчас якога аднавіць свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас знаходзіцца ў палоне віртуальнай версіі Сумернага Горада, створанай ДзіЗ. Гульцам трэба даследаваць новыя свету і змагацца з ворагамі, каб аднаўляць справядлівасць і знайсці адказы на важныя пытанні пра сваіх персанажаў. Kingdom Hearts II працягвае развіваць сюжэтную лінію і знаёміць з новымі персанажамі і лакаліямі.