Дзеянне гульні Kingdom Hearts II пачынаецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфі прабудзіліся пасля гадавога сну, у ходзе якога аднаўлялі свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў пастцы віртуальнай версіі Сумеречного Города, створанай персанажам па імені ДзіЗ. Гульцы будуць следаваць за Сорай і яго сябрамі ў іх прыгодах, даследуючы новыя свету і змагаючыся з ворагамі. Гульня працягвае развіваць сюжэтную лінію і персанажаў, знаёмых фанатам серыі.