Shadow Hearts расказвае гісторыю Юрыі Хьюга, сына рускай жанчыны Анны і японскага салдата Джынпачыра. Юрыя нарадзіўся ў Японіі, але ў тры гады яго сям'я пераехала ў Кітай, дзе яго бацька працягваў службу і ўдзельнічаў у вайне супраць чараўніка Дэхуая. Галоўны герой паабяцаў бацьку ахоўваць маці, пакуль яго няма дома. Падчас адсутнасці бацькі на вёску абрынуўся шторм, і слугі варлока, прыняўшы аблічча суседзяў, напалі на вёску. Анна загінула, спрабуючы абараніць Юрыю, што прывяло яго ў стан ярасці і адчаю. У гэты момант у Юрыі прабуджаюцца схаваныя здольнасці, і ён ператворыцца ў Імператара смерці, мстячы нападаючым.