Падзеі гульні Kingdom Hearts II разгортваюцца праз год пасля завяршэння сюжэта Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі, Сора, Дональд і Гуфи, правялі гэты год у стане сну, аднаўляючы свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў палоне віртуальнай версіі Сутарнага Горада, створанай персанажам па імені ДзІЗ. Гульцы будуць сачыць за развіццём падзей, якія звязваюць лёсы гэтых персанажаў і іх прыгоды ў розных светах.