Дзеянне гульні Kingdom Hearts II пачынаецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя персанажы, Сора, Дональд і Гуфі, правялі гэты год у стане сну, аднаўляючы свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас, новы персанаж, аказваецца зачыненым у віртуальнай версіі Сумеркавага Горада, створанай ДзіЗ. Гульцы будуць даследаваць розныя свету, сустрэкаючы знаёмых персанажаў і змагаючыся з ворагамі, каб раскрыць таямніцы, звязаныя з іх мінулым і лёсам. Kingdom Hearts II працягвае развіваць сюжэтную лінію і механікі, знаёмыя прыхільнікам серыі.