Гульнявое дзеянне Kingdom Hearts II пачынаецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі, Сора, Дональд і Гуфі, правялі гэты год у стане сну, аднаўляючы свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў віртуальнай версіі Сумеркавага Горада, створанай персанажам па імені ДиЗ. Игрокам трэба даследаваць новыя свету, узаемадзейнічаць з рознымі персанажамі і вырашаць галаваломкі, каб прасоўвацца па сюжэту. Kingdom Hearts II працягвае развіваць сюжэтную лінію і механіку, знаёмую фанатам серыі.