Дзеянне гульні Kingdom Hearts II пачынаецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Асноўныя героі, Сора, Дональд і Гуфі, правялі гэты год у стане сну, аднаўляючы свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас апынаецца ў віртуальнай версіі Сумернага Горада, створанай персанажам па імя Дзіз. Игроки будуць следаваць за Сорай і яго сябрамі ў іх прыгодах, даследуючы новыя свет і сутыкаючыся з рознымі ворагамі. Kingdom Hearts II працягвае развіваць сюжэтную лінію, знаёмячы гульцоў з новымі персанажамі і механікай гульні.