Дзеянне гульні Kingdom Hearts II разгортваецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі, Сора, Дональд і Гуфі, прачынуліся пасля годнага сну, ў час якога аднаўлялі свае стратэгічныя ўспаміны. У гэты час Роксас знаходзіцца ў палоне віртуальнай версіі Сумеркавага горада, створанай ДзіЗ. Гулец будзе сачыць за развіццём падзей і ўзаемадзеяннем персанажаў у гэтым унікальным свеце, дзе пераплятаюцца элементы розных гульнявых сусветаў.