Shadow Hearts — гэта гульня, якая распавядае гісторыю Юрыя Хьюга, сына рускай жанчыны Анны і японскага салдата Джынпачыра. Юрый нарадзіўся ў Японіі, але ў тры гады яго сям'я пераехала ў Кітай, дзе бацька працягваў службу і ўдзельнічаў у войне з чараўніком Дэхуай. Падчас адсутнасці бацькі на вёску абрушваецца бура, і слугі варлока, прыняўшы аблічча суседзяў, нападаюць на жыхароў. Анна гіне, абараняючы свайго сына, што прыводзіць Юрыя ў стан вар'яцкасці і адчаю. У выніку ў ім прабуджаюцца незвычайныя здольнасці, і ён ператвараецца ў Імператара смерці, каб помсціць за сваю сям'ю.