Дзейства гульні Kingdom Hearts II пачынаецца праз год пасля падзей Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі, Сора, Дональд і Гуфі, правялі гэты год у стане сну, аднаўляючы свае страчаныя ўспаміны. У гэты час Роксас аказваецца ў палоне віртуальнай версіі Цмянага Горада, створанай персанажам па імені ДзіЗ. Гулец будзе даследаваць новыя светы, ўзаемадзейнічаць з рознымі персанажамі і змагацца з ворагамі, каб аднаўляць парадак у мультыўніверсуме Kingdom Hearts.