Дзеянне гульні Kingdom Hearts II разгортваецца праз год пасля падзеяў Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі - Сора, Дональд і Гуфі - абудзіліся ад сну, у якім знаходзіліся, аднаўляючы свае страчаныя ўспаміны. Тым часам Роксас, новы персанаж, апыняецца ў пастцы віртуальнай версіі Змрочнага Горада, створанай загадкавым ДІЗ. Гульня працягвае даследаваць тэмы сяброўства і самапазнання, знаёмячы гульцоў з новымі светамі і персанажамі з розных франшызы Disney і Square Enix. Гульцы павінны будуць пераадолець мноства выпрабаванняў, каб аднавіць парадак у мультысусвету Kingdom Hearts.