Сюжэт гульні Arkham City разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей Arkham Asylum. Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму пад назвай «Arkham City». Вакол гэтай тэрыторыі размешчаны атрад наймітаў "Тайгер", які мае загад страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў найміты выкрадаюць Бруса Ўэйна і прыводзяць яго да Стрэйнджу, які ведае пра яго сапраўдную асобу як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе, што гатовы запусціць «Пратакол 10», у той час як Брус праходзіць міма раз'юшаных зняволеных. Сюжэт гульні абяцае напружаную атмасферу і развіццё канфлікту ў свеце Готэма.