Сюжэт гульні Arkham City разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей Arkham Asylum. Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму пад назвай «Arkham City». Вакол гэтай турмы размешчаны атрад наймітаў "ТАЙГЕР", які атрымаў загад страляць на паражэнне пры спробах уцёкаў. Падчас пратэстаў Бруса Ўэйна найміты выкрадаюць яго і прыводзяць да Стрэйнджа, які ведае пра яго сапраўдную асобу як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе Уэйну аб запуску «Пратакола 10», у той час як іх вядуць міма раз'юшаных зняволеных. Сюжэт гульні насычаны напругай і інтрыгай, раскрываючы новыя аспекты сусвету Бэтмэна.