Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма, скарыстаўшыся сваёй вядомасцю пасля злову Джокера. Ён стварыў турму "Arkham City", акружаную ўзброеным атрадам наймітаў "ТАЙГЕР", якому было загадана страляць на паражэнне пры спробах уцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Брус Уэйн выкрадаецца наймітамі і дастаўляецца да Стрэйнджа, які ведае яго таямніцу і паведамляе аб запуску "Пратакола 10". Бруса вядуць міма раз'юшаных зняволеных, што стварае напружаную атмасферу і прадвесціць далейшыя падзеі ў гульні.