Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму пад назвай "Arkham City". Вакол гэтай тэрыторыі быў размешчаны атрад наймітаў "Тайгер", які атрымаў загад страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Брус Уэйн быў выкрадзены наймітамі і дастаўлены да Стрэйнджа, які ведае яго сапраўдную асобу. Стрэйндж паведамляе, што гатовы запусціць "Пратакол 10". У працэсе захопу Бруса вядуць міма раз'юшаных зняволеных, што падкрэслівае напружанасць сітуацыі.