Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму пад назвай «Arkham City». Вакол гэтай тэрыторыі быў размешчаны атрад наймітаў "Тайгер", якому было загадана страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Бруса Ўэйна выкрадаюць найміты, якія прыводзяць яго да Стрэйнджа. Стрэйндж раскрывае, што ведае пра таемны альтэр эга Бруса - Бэтмэна, і паведамляе аб гатоўнасці запусціць "Пратакол 10". У гэты момант Брус праходзіць міма раз'юшаных зняволеных, што стварае напружаную атмасферу і прадвесціць далейшыя падзеі.