Дзеянне гульні Kingdom Hearts II разгортваецца праз год пасля падзеяў Kingdom Hearts: Chain of Memories. Галоўныя героі Сора, Дональд і Гуфі правялі гэты год у стане сну, аднаўляючы свае страчаныя ўспаміны. Тым часам Роксас, новы персанаж, апыняецца ў пастцы віртуальнай версіі Змрочнага Горада, створанай таямнічым ДІЗ. Гульцы будуць даследаваць розныя светы, узаемадзейнічаць з вядомымі персанажамі і змагацца з ворагамі, каб раскрыць таямніцы, звязаныя з іх мінулым. Гульня працягвае спалучаць элементы RPG і экшэна, прапаноўваючы займальны сюжэт і глыбокую прапрацоўку персанажаў.