Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму пад назвай "Arkham City". Вакол гэтай тэрыторыі быў размешчаны атрад наймітаў "Тайгер", які атрымаў загад страляць на паражэнне пры спробах уцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Брус Уэйн выкрадзены наймітамі і дастаўлены да Стрэйнджа, які ведае яго сапраўдную асобу як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе Уэйну аб запуску "Пратакола 10". Бруса вядуць міма раз'юшаных зняволеных, што падкрэслівае напружаную атмасферу і небяспеку, якая існуе ў "Arkham City".