Сюжэт гульні Arkham City разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей Arkham Asylum. Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму «Arkham City». Вакол гэтай тэрыторыі быў устаноўлены ўзброены атрад наймітаў "Тайгер", які атрымаў загад страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Бруса Ўэйна выкрадаюць найміты «ТАЙГЕР», якія прыводзяць яго да Стрэйнджа. Стрэйндж, ведаючы, што Брус з'яўляецца Бэтменам, згадвае аб запуску "Пратакола 10". У гэты момант Бруса вядуць міма раз'юшаных зняволеных, што падкрэслівае напружаную атмасферу і пагрозу, якая навісла над ім.