Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму пад назвай "Arkham City". Вакол гэтай тэрыторыі быў устаноўлены атрад наймітаў "ТАЙГЕР", якому было загадана страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас пратэстаў Бруса Ўэйна найміты выкрадаюць яго і прыводзяць да Стрэйнджа, які ведае яго сапраўдную асобу як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе, што гатовы запусціць "Пратакол 10". Брус праходзіць міма раз'юшаных зняволеных, што падкрэслівае напружаную атмасферу ў турме.